精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。 
1)生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗;精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。
2)生物有机肥经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生;精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。
3)生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生;精制有机肥由于高温烘干，杀死了里面的全部微生物。
4)生物有机肥养分含量高;精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。
5)生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭;精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。
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